在游戏《失落的方舟》中，命运方舟每日副本的刷新时间为凌晨5点。每天凌晨5点之后，玩家可以重新挑战命运方舟的各类副本任务。请注意，副本挑战次数有限，玩家需要合理规划每日的副本挑战次数，以获取最大的收益和奖励。